Vaxtındanqabaq və yenidoğulanların patologiyası şöbəsinin elmi bölməsi 1978-ci ildə təşkil olunmuşdur. Elmi bölməyə 1993-cü ilə kimi t.e.d.,prof. N.Ə.Tağıyev rəhbərlik etmişdir. “Yenidoğulanların fiziologiyası və patologiyası” problemi üzrə elmi tədqiqatlar planlaşdırılmışdır. Bu illər ərzində Respublikada ilk dəfə olaraq Ku-qızdırma, xlamidioz, toksoplazmoz, listerioz kimi infeksiyaların yenidoğulma dövrünün patologiyalarında rolu aşkar edilmişdir. Yenidoğulanlarda irinli-septiki xəstəliklərin etiologiyası, diaqnostikası, müalicə məsələlərinə dair elmi tədqiqatlar aparılmışdır. İrinli-septiki xəstəliklər keçirən yenidoğulan körpələrin 1 yaşa kimi katamnestik müşahidəsi aparılmış, dispanserizasiya tədbirləri işlənib hazırlanmışdır. Həmin illər ərzində 9 nəfər namizədlik dissertasiyası medafiə etmişdir.

Respublikamızın müstəqillik əldə etdiyi illərdə elmi bölmədə ölkəmiz üçün daha aktual və daha çox praktik əhəmiyyət kəsb edən elmi tədqiqatlara üstünlük verilmişdir. Bu baxımdan yenidoğulan körpələrdə HV, SMV, toksoplazmoz və Respublikada ilk dəfə olaraq mikoplazmoz, enterovirus, Koksaki A və B virusları kimi bətndaxili infeksiyaların yayılması, diaqnostikası, müalicə və profilaktikası məsələlərinə, hiperbilirubinemiya, yenidoğulanlarda kəllədaxili qansızmalar və TPS olan vaxtındanqabaq doğulan körpələrdə osmotik homeostazın vəziyyətinin öyrənilməsinə və korreksiya üsullarının təyin edilməsinə dair geniş miqyaslı elmi araşdırmalar aparılmışdır. Yenidoğulan körpələrdə bətndaxili infeksiyaların patogenezində immun sistemin, iltihabönü və iltihabəleyhinə sitokinlərin rolu sübut olunmuşdur.

İlk dəfə olaraq yenidoğulanlarda baş beyin zədələnmələrində, serebral pozulmaların inkişafında, onların formalaşmasında herpes, sitomeqalovirus, Epştein-Barr və s. kimi infeksiyaların rolu təsdiq olunmuşdur (prof. Ş.K. Şirəliyeva, prof. N.C. Quliyev, A.K. Məmmədbəyli, G. M.Qurbanova).

Elmi bölmədə 1995-ci ildən etibarən bətndaxili infeksiyalar ilə bağlı aparılan çoxşaxəli araşdırmaların nəticələri elmi məqalələrdə, elmi məruzələrdə, metodik tövsiyələrdə, səmərələşdirici təkliflərdə, 20 tibb üzrə fəlsəfə doktorluğu dissertasiyalarında əks olunmuşdur. Bu dövrdə yanaşı olaraq yenidoğulanlarda MSS-nin hipoksik zədələnməsi zamanı qaraciyər və böyrəklərin funksional vəziyyəti öyrənilmişdir, yaranan dəyişikliklərin korreksiya yolları təyin edilmişdir.

Yenidoğulanlar arasında xüsusi mövqeyə malik olan, xəstələnmə və ölüm göstəriciləri hələ də yüksək olan vaxtındanqabaq doğulanların (VQD) bəslənməsi, çox rast gələn xəstəliklərin erkən diaqnostikası, proqnozu və müalicə üsullarının optimizasiyası həm nəzəri, həm də praktiki cəhətdən mühüm əhəmiyyət kəsb edir. Bölmədə ə.e.x., prof. N.C.Quliyev və prof.S.Ş.Həsənovun rəhbərliyi ilə bir sıra elmi-tədqiqat işləri, o cümlədən namizədlik və doktorluq dissertasiyaları yerinə yetirilmişdir.

Müəlliflər tərəfindən VQD uşaqlarda RDS-nun ən optimal müalicə üsulları təklif edilmiş, VQD sepsisin müalicəsində pentoqlobin preparatının səmərəliliyi elmi cəhətdən əsaslandırılmışdır.

2001-2016-cı illərdə elmi bölmənin fəaliyyəti əsas 2 problemə həsr olunmuşdur.

Problem 1 - “Yenidoğulan uşaqlarda bətndaxili infeksiyalar”.

Problem 2 - “Yenidoğulan uşaqlarda mərkəzi sinir sisteminin perinatal hipoksik-işemik zədələnmələri”.

Qeyd olunan problemlər üzrə geniş miqyaslı elmi tədqiqatlar aparılmışdır. Elmi axtarışların nəticəsində yenidoğulan körpələrdə perinatal infeksiyaların müasir diaqnostik prinsipləri, müalicə-profilaktika tədbirləri hazırlanmışdır. Perinatal infeksiyalar keçirmiş körpələrin südəmər yaşlarda sağlamlığını qiymətləndirən alqoritm tərtib edilmişdir. Bölmədə aşağıdakı mövzularda  doktorluq dissertasiyaları mövzuları yerinə yetirilir:

1. A.S.Hacıyeva
“Perinatal asfiksiya keçirmiş yenidoğulanlarda poliorqan zədələnmələrin erkən diaqnostikası, müalicəsi və proqnozu”. Elmi məsləhətçi-prof.S.Ş.Həsənov

2. N.C.Rəhimova
“Yenidoğulanlarda perinatal infeksiyaların klinik-immunogenetik aspektləri, proqnozu və müalicəsi”. Elmi məsləhətçi-ə.e.x., prof.N.C.Quliyev

Son illər yenidoğulan körpələr arasında sarılıqların geniş vüsət alması bu problemə yeni yanaşma zərurətini doğurur. Bölmədə aparılan elmi araşdırmalar (prof. N.C.Quliyev, L.F.Əliyeva) hüceyrənin enerji mübadiləsini xarakterizə edən göstəricilərin neonatal sarılıqların diferensial-diaqnostik və xəstəliyin ağırlaşmaların qarşısını alabiləcək proqnostik meyarların təyin edilməsinə imkan vermişdir. 

2011-ci ildən başlayaraq Respublikamızda ilk dəfə yenidoğulan körpələrdə nekrotik enterokolit (HEK) kimi ağır, təhlükəli xəstəliyin erkən diaqnostikası, klinik xüsusiyyətləri,  müasir müalicə məsələləri sahəsində elmi araşdırmalar aparılır